This time the ninjas must traveling back in time to 17th-century Japan in order to save April O’Neil. Once there, they also use their skills to help a rebel army battle an evil leader.
Kali ini para ninja harus melakukan perjalanan kembali ke Jepang pada abad ke-17 untuk menyelamatkan April O’Neil. Sesampai di sana, mereka juga menggunakan keterampilan mereka untuk membantu pasukan pemberontak melawan pemimpin yang jahat.