Months after the events of the original film, Ming suspects a police superintendent as being a new mole for the triads, while years earlier, Yan embarks on his first mission.
Beberapa bulan setelah kejadian di Infernal Affairs pertama, Ming mencurigai seorang pengawas polisi sebagai penyusup baru untuk triad, sementara bertahun-tahun sebelumnya, Yan memulai misi pertamanya.